Existen tres subespecies distintas reconocidas tradicionalmente: el koala de Queensland, el koala de Nueva Gales del Sur y el koala de Victoria.​ Se diferencian por el color y grosor de su pelaje, su tamaño corporal y por la forma del cráneo. El de Queensland es el más pequeño de los tres, con un pelaje más corto de color plateado y un cráneo más pequeño; el de Victoria es el de mayor tamaño, con un cráneo más grande y un pelaje más largo de color marrón.

Su pelaje es más largo y denso en la espalda y más corto en el vientre. Las orejas tienen pelo tupido tanto en el interior como en el exterior. El color de la piel de espalda varía desde el gris claro al marrón chocolate,​ mientras que la del vientre y la de los cuartos traseros es blanquecina. El pelaje de la espalda es el aislante más eficaz de todos los marsupiales y es muy resistente al viento y la lluvia, mientras que la piel del vientre puede reflejar la radiación solar.